Beizkofen wurde um das Jahr 1185 zum ersten Mal schriftlich erwähnt. Die erste Ansiedlung befand sich vermutlich südlich der Ostrach. Von diesem Urdorf aus hat die Besiedlung der übrigen Göge-Dörfer ihren Anfang genommen.
Mit den Rittern von Beizkofen (12.-14. Jahrhundert) hatte das Dorf den einzigen bekannten Ortsadel der Göge mit eigenem Wappen und Siegel.
1854/55 wurde mitten im Dorf ein eigenes Schul- und Rathaus erbaut. Nach mehreren Umbauten dient dieses noch heute als Sitz der Gemeindeverwaltung.
Beim Rathaus steht auch die 1728 erbaute Kapelle St. Peter und Paul.
Über mehr als 800 Jahre wurde an der Ostrach eine herrschaftliche Mahlmühle betrieben. Diese gelangte später in Privatbesitz. Das aufwändig restaurierte ehemalige Gerberhaus südwestlich der Mühle gilt heute als eines der schönsten Fachwerkhäuser in der Göge. Im Laufe des 19. Jahrhunderts entstanden an der Ostrach im Ried zwei weitere Mühlen (Riedmühle) und ein Sägewerk, welches als Riedsäge bis vor wenigen Jahren noch bestand.
Beizkofen hat sich 1970 freiwillig mit der Gemeinde Hohentengen zusammengeschlossen.